在1952年建校之初，农经系设立了农业经济教研组，是建系设立的四个教研组之一。1978年定名为农业经济教研室，1982年成立畜牧经济教研室，1985年并入农业经济教研室，2003年农业经济教研室更名为农业经济系。
历任农业经济教研室（组）主任有：吴华宝教授（兼）(1952-1956)、朱羲农教授(1956-1960)、朱甸余教授(1960-1978)、陈和钧教授(1978-1985)、高天福副教授(1985-1989)、刘秀珍教授（1989-1994）、尼合买提教授（1994-2003）。历任农业经济系主任：尼合买提教授(2003-2006)、马慧兰教授（2006-2011）、刘国勇副教授(2011-至今)。
农业经济系吴华宝、朱羲农、朱甸余、陈和钧、高天福、刘秀珍、易振国、尼合买提等老一辈教授学者，为农业经济学科的建设和发展，特别是在队伍建设、课程建设、教材建设、教学改革等方面做出了突出的贡献，奠定了学科发展的基础。
